在樱木（上户彩饰）调离特命搜查室半年之后，白石（中原丈雄饰）继续追查了长达14年的“八王子事件”，然而，新的命案却为这一未解之谜带来了新的线索。

在新的命案中，发现了与八王子事件一致的弹痕，这成为了解开谜团的契机。于是，特命搜查室的4科成员再次集结，决心向未解之案发起挑战。室长长岛秀夫（北大路欣也饰）带领着冢本（宫迫博之饰）、高峰（山口纱弥加饰）、仓田（杉本哲太饰）等人，他们不仅需要解决新的命案，还要解开长期困扰他们的八王子事件之谜。

与此同时，樱木泉（上户彩饰）在半年前被调到了八王子南署强行犯罪搜查科，她也继续着自己的调查工作。深泽（丸山智也饰）则调到了搜查一课杀人犯罪调查组，担任组长。每个人都在为揭开事件真相而努力，他们的决心和毅力将再次受到考验。