《来自深渊：深沉灵魂的黎明》是电视动画片《来自深渊》的第一部续篇动画电影，同时也是该系列的第三部动画电影。导演小岛正幸，主要演员包括富田美忧、伊濑茉莉也、井泽诗织、水濑祈、大原沙耶香、稻田彻、喜多村英梨等。

故事背景设定在一个世界中，各个角落都被勇敢的探险者所探索，唯一未被完全揭示的秘境是巨大的纵向洞穴，被称为“阿比斯”。这个洞穴延伸深入地下，没有人知道它的尽头在哪里，深不见底。阿比斯内部栖息着各种奇特的生物，同时也埋藏着让人类无法制造的珍贵遗物。

“阿比斯”令人着迷，吸引了大量探险家前去探险。这些勇敢的冒险者被称为“探窟家”。在阿比斯边缘的城镇“奥斯”，有一个孤儿名叫莉可，她的梦想是成为像她的母亲那样伟大的探窟家，解开阿比斯的秘密。

故事开始于莉可的母亲的白笛被人发现，这激发了莉可的决心，她要进入阿比斯深处。与此同时，莉可的伙伴，失忆的机器人雷古，也决定寻回自己的记忆，并决心与她同行。他们在深渊的第四层遭受了穿弹兽的毒素折磨，幸运的是，他们被一个叫做“生骸”的少女娜娜奇所救。娜娜奇加入了他们的冒险队伍，并继续前往深渊的第五层，那里，他们遇到了一个自称普鲁修卡的女孩。