电影《流氓大战忍者》讲述了孪生兄弟Subaru（由Shinpei Takagi饰演）和Homare（由Manpei Takagi饰演）注定要因忍者规则而互相对抗的故事。Haguro团伙是一群救了Subaru性命的日本黑帮成员，其中包括Tekiya的Tatsu、Chanko的Rikiya、Komashi的Takashi和Kimikagashi的Ryo。尽管其他黑帮成员称他们为"游离者"，但他们对人性充满热情，把彼此视为家人一样照顾，温暖了一直过着冷酷忍者生活的Subaru的心。在得到他们的爱和关怀后，Subaru决定生活在"游离者"团队中。

然而，忍者团队，包括Homare的朋友Kujaku、Hayate、Ryugen和Karasu，的邪恶之手却逐渐接近Haguro团伙，使得两兄弟的命运陷入危险之中。