在《文豪野犬第三季》中，我们见证了中岛敦与芥川龙之介这两位文豪并肩作战，他们在与弗朗西斯·F的决战中获得了胜利。这场巨大异能战争宣告了“组合（Guild）”的崩溃，但故事并没有就此结束

“武装侦探社”和“港口黑手党”之间的休战协定仍在继续，他们成功将毁灭危机化解，让横滨重新回归了平静的日常。然而，海外犯罪组织流入的传言和“组合（Guild）”残党的影子仍然在横滨若隐若现，让人不禁担心这个城市是否真的能够摆脱黑暗势力的威胁。

另一方面，太宰治对于“魔人”的觉醒和新的灾厄开始感到担忧。在暗渠中蠢蠢欲动的，是盗贼团“死屋之鼠”的头目，费奥多尔·D。他的恐怖谋略即将浮出水面，为故事注入了更多的紧张和悬疑。