西元2199年，地球面临着来自太阳系外的强大威胁——加米拉斯帝国的入侵。这个危机不仅威胁着地球，还危及着整个太阳系。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中遭受了沉重的挫折，而敌人也向地球发射了大量放射性游星炸弹，使地球的抵抗力量逐渐衰弱。

然而，在这个危急关头，一颗星球伊斯坎达尔伸出了友善之手，向地球伸来了援助之手。原本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球，不顾自身安危，向地球传递了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军他们星球上拥有可以清除放射性污染的设备——“宇宙清洗器D”。

然而，在与欧洲和美洲失去了联系的情况下，地球面临着前所未有的困境。但地球的防卫军不愿屈服于命运的压力，他们决定利用伊斯坎达尔星球提供的技术，将曾经沉睡于海底的大和号重新改造为一艘宇宙战舰。这艘战舰不仅是一艘巨大的工程，更是地球最后的希望。