《X档案第二季》延续了前一季的神秘和惊悚氛围，故事围绕着特工穆德和史卡利的调查展开。本季一开始，X档案似乎被终结，穆德和史卡利被分派到不同的任务中，但穆德始终保持对与X档案相关的案件的关注，并时常寻求史卡利的帮助。

然而，本季的制作受到了演员姬莲·安德森怀孕的影响，因此剧情中不得不对史卡利进行一些调整。在剧情中，史卡利被外星人绑架，消失了一段时间。这个情节也与现实生活中的姬莲·安德森的孕期相吻合，她在这段时间里前去医院生产。

在经过不懈的寻找后，史卡利奇迹般地被送回一家医院，这标志着X档案剧情迎来了新的阶段。