《不是冤家不聚头》是一部温馨搞笑的影片，讲述了余大地（吴耀汉饰）和黄梅（萧芳芳饰）的故事。这两位主人公都有着古怪的脾气，被迫要在同一屋檐下生活，于是引发了一系列不断冲突却渐渐升温的爱情故事。

故事开始，余大地是一名海员，经常因工作原因不在家，导致太太对他不满并提出离婚。然而，由于他的积蓄都被妻子控制，而他的住所也被租给了黄梅，余大地不得不无家可归，只好与黄梅同住一个屋檐下。两人因为性格和怪癖的不同而常常产生矛盾和冲突。但随着时间的推移，他们之间渐渐产生了感情，爱意也开始滋生。

余大地展现出他的发明才能，创造出一种新产品，但不幸的是，这个发明被黄梅的生意伙伴偷走，导致他失去了抚养女儿的权利。余大地只好再次踏上了出海的旅程，将女儿托付给了黄梅，并在别离时透露了自己的爱意。黄梅也表示会等待他的归来。

然而，事情发生了戏剧性的转折，余大地恶作剧地打电话告诉黄梅自己前往中东，但后来船只真的在中东沉没了。黄梅和余大地的亲人们以为他已经遇难，陷入了深深的悲伤之中。而此时，余大地却悄悄地回到了香港。