《船长哈洛克》是由原漫画作家松本零士的《宇宙海盗船长哈洛克》而改编的一部CG电影。在遥远的未来，人类的科学技术已经达到了可以无所顾忌，游走穿梭于银河的各个角落的地步，而定居在银河边缘的人们为了都能够留在地球上而挑起了事端。与此同时，打造了四艘Death Shadow级的宇宙战列舰。战列舰的横空出世，四号战列舰的船长哈洛克一战成名，但随着战争落下帷幕，哈洛克也是逐渐从人们的眼前消失了，没过多久，一艘船头刻着骷颅头的海盗船“阿尔卡迪亚号”映入人们的眼帘，海盗船船长哈洛克则是高举叛旗，成为了通缉犯。另一边的亚马接受暗杀哈洛克的命令，他伪装成船员密密潜入了阿尔卡迪亚号，然而就在他慢慢接触的过程中，亚马也逐渐发现了地球上被掩盖的真相。面对世界的灭亡，哈洛克众人全力以赴地冲破掩盖在黑暗之下的真相