明朝1642年崇祯年间，明朝内忧外患。对内全国瘟疫肆虐，百姓患病之人十死八九，有的村庄甚至全部死绝。对外李自成带兵攻打开封，所向披靡。偌大明朝朝堂竟无一人可用。崇祯皇帝这时候想到了还关在天牢之中的孙传庭，可崇祯帝又惧怕孙传庭掌握兵权后会对自己不利。怀着这种矛盾的心情，崇祯皇帝将孙传庭放了出来。孙传庭接手军队后发现军饷被贪，军粮被换，地主们都乘机发国难财。不仅如此，因为瘟疫横行，军队的士兵很多都患上瘟疫死去。没死的也病体恹恹，根本上不了战场。孙传庭请来神医吴川，吴川和徒弟吴又可一起给士兵医治。吴川最后也染病去世，吴又可对疾病的诊断与吴川看法不一。孙传庭信任地放手让吴又可按自己想法看病问诊，吴又可果然控制了瘟疫。然而将士里为了冒领抚恤金故意到乱坟岗把死于瘟疫的人拖回来，结果导致瘟疫死灰复燃。孙传庭感到深深的绝望