影片讲述另外的计划以及新特工艾伦·克劳斯的故事。艾伦·克劳斯参加政府基因试验，最终与负责试验的女科学家携手展开逃亡，两人揭开绊脚石计划的冰山另一角。

继杰森·伯恩之后，另一名美国中情局的特工艾伦·克劳斯深陷险境之中，因为“杰森·伯恩”的事件导致中情局特工行动，绊脚石被公开，为了隐藏其他的行动，拜亚为首美国中情局计划铲除数10年以来发展的太空行动，其中也包括结果行动中，智能与体能更为“先进”的“5号”特工艾伦·克劳斯展开了横跨全球的截杀。

艾伦·克劳斯唯一的希望就是在过去4年以来，不断进行研究其活动和背后监视的科学家玛泰博士。躲避追杀的过程中，艾伦·克劳斯躲开了许多人的追杀，顺利的逃入了科学家玛泰博士那里，寻求博士的帮助。