《夺宝奇兵3》讲述纳粹和土耳其试图联手制造一种秘密武器，以破坏国际之间的平衡，称霸世界，当时的美国政府恰巧派遣印第安纳前往寻找传说中的圣杯，以抵抗世间的邪恶。电影将故事背景设置在1938年，当时印第安纳和自己的父亲亨利凭借笔记上面的记载寻找圣杯，因为圣杯具有治愈任何伤口的效果，所以受到德国纳粹的重视，德国也派出了美女间谍爱莎薛尼德博士对印第安纳使出美人计和苦肉计，但是琼斯不为所动

琼斯父子和好友发现了爱莎的企图，打算将笔记夺回并取得圣杯，却没想到自己已经被纳粹尾随，纳粹开枪打伤了琼斯的父亲，几个人一番苦战得以成功逃脱，但是琼斯的父亲已经受伤，正在琼斯打算用水杯里的水救治父亲时，爱莎出现阻止了这一行为，琼斯则与对方开始了战斗。