《境界触发者》讲述普通的高中生三云修遇到了近界的人民空闲游真以后，为了能够晋级成为A级而不断努力的故事。一个人口只有28万人的城市三门市，打开了通往异世界的大门，从异世界过来的侵略者们，肆意蹂躏门附近的城市，让整座三门市都因此陷入恐慌之中，就在此时，一个神秘团体的突然出现，击退了近界民，他们被称为境界防卫组织，并在三门市附近建立了基地，希望能够继续对抗过来骚扰的近界民。四年以后，近界民空闲游真来到异世界寻找父亲的熟人，在这里结识了三云修

三云修为了能够了解近界民的真相，决定一方面指引游真在异世界里进行探索，一方面不断接近游真，发现近界民的弱点，方便以后与他们进行战斗，三云修在境界防卫组织的帮助下，开始研究游真的弱点。