故事的主要情节围绕铃木园子的叔叔次郎吉展开。次郎吉并没有满足于以前的挑战失败，他决定再次向神秘盗贼基德发出挑战。这位脾气古怪的大叔不惜花费巨资，制造了一艘巨大的飞船，名为贝尔·雪利二世号。他将一颗镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作为赌注，邀请基德前来挑战，看看他是否能够在短短6小时的时间内完成这个艰巨的任务。 柯南、小兰以及其他关键角色都受到了邀请，甚至电视台的人也前来报道这场精彩的对决。随着时间的流逝，智慧的较量在高空中悄然展开。然而，故事的另一方面也逐渐浮出水面，一个恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。不久前，这个组织袭击了国立东京微生物研究所，并盗走了一种致命的病毒，为故事注入了更多的紧张和复杂情节。
