《未来少年柯南》讲述了在未来的世界中科举飞速的发展，地球在核子的战争中重新得到了新生。荒岛上的幸存者的后代少年柯南和一名神秘的少女拉娜展开了属于两人的冒险之路。拉娜因为拥有着钞能力，和自己拥有超能力的爷爷，有心灵感应，看似非常柔弱的外表，但却拥有着极为坚强的内心，是不会向绝境所屈服的，并展开一系列的斗争

在西历2008年的7月份，超磁力武在战争中被人们所发动，在一瞬间将一半的地球毁灭，到了20年之后，在残留幸存的小岛上和爷爷相依为命的年少的柯南，偶然之间营救了海滩上的科学家的孙女拉娜。而有一些野心家却想要捕捉拉娜对他作出生命的威胁，并杀害了柯南的爷爷，也捉走了拉纳，但柯南最后踏上了拯救拉娜的旅程。