电影《遗留搜查 2019秋新作SP2》带领观众进入了一个扣人心弦的犯罪故事。在剧中，警察糸村聪和科搜研的村木繁来到宫津湾归还证物，却意外卷入一桩杀人案件。他们遇到了正在追捕嫌疑犯的宫津中央署刑警石神一志，并协助他成功抓捕了嫌疑犯。然而，随后发生的一系列事件让他们陷入了一个错综复杂的谜团

在一个小饭店休息时，糸村和村木接到了特对室的联络，得知京都市的前经济产业大臣音羽信彦被枪杀的消息。而这起案件的嫌疑人竟然是他们所在饭店的店主水岛俊树。在糸村暂时离开饭店期间，水岛趁机逃走了。而在饭店内，糸村发现了一把古董钥匙，经过村木的鉴定，这把钥匙已有50年的历史。与此同时，警方发现这起枪杀案所用的枪支竟然与5年前音羽前大臣儿子贵志被杀时使用的枪支相同。当时，贵志和他的父亲正致力于引进风力发电项目。尽管警方最初怀疑环保团体与此案有关，但因证据不足而陷入僵局。

这时，水岛的女友小川舞子和音羽前大臣的女儿宫津市议员律子等人相继浮出水面。一个个角色的出现将故事逐渐推向高潮。与此同时，那把被使用两次的枪声再次响起，令人不禁猜想接下来会发生什么。